Laffite wurde als zweiter Sohn eines Aristokraten geboren. Während der Französischen Revolution flüchtete seine Familie nach Hispaniola, wo ebenfalls Revolten und Bürgerkriege tobten. Nach den Sklavenaufständen und der Ausrufung des Staates Haiti 1804 emigrierten die Brüder Jean und Pierre in die USA.

Schon vier Jahre später galten die Laffites als gefürchtete Freibeuter, die mit zehn Schiffen und 1000 Männern in der Karibik amerikanische, britische und spanische Handelsschiffe kaperten und die Beute von der Insel Grande Terre in der Barataria Bay nach New Orleans schmuggelten. Die Versuche des Gouverneurs William Claiborne, Laffite aus dessen "Königreich von Barataria" zu vertreiben, scheiterten kläglich - als er auf Laffites Kopf eine Prämie von 750 Dollar aussetzte, drehte Jean den Spieß um und bot für Claibornes Leben das Doppelte. Laffites geplante Expansion an die Küste von Texas wurde durch den Angriff der Briten auf das untere Mississippi-Gebiet aufgehalten — er kämpfte 1815 an der Seite des Generals Andrew Jackson in der Schlacht von New Orleans und erlangte so seine Legalität wieder. Der Park, der sich heute am Schauplatz dieser Schlacht befindet, trägt den Namen Jean Laffites.

Nachdem man ihm in Washington die Wiedergabe seines beschlagnahmten Besitzes verwehrte, kehrte er 1816 nach New Orleans zurück und beendete sein kurzes Dasein in der Legalität. Er begann an Plänen für eine Anlegestelle an der Küste von Texas zu arbeiten, die als Hafen für Kaperschiffe und Stützpunkt bei Überfällen auf Texas fungieren sollte. Laffite vertrieb 1817 den berüchtigten Piraten Louis Michel Aury von der Insel Galveston, die das Zentrum des Schmuggels, der Piraterie und des Sklavenhandels wurde. Ein zweites Mal waren die USA auf die Hilfe der Piraten angewiesen, als 1818 George Graham im Auftrag des Präsidenten Monroe die Laffite-Brüder bei der Vertreibung der Franzosen und Spanier aus Texas um Unterstützung bat - sie lehnten ab, und Texas wurde Mexiko angegliedert.

Um 1820 verließen die Brüder Laffite Galveston, da Jeans Intrigen jeden Freund verprellt und Pierres Arbeit für den spanischen Geheimdienst wertlos geworden war. Sie brannten Galveston nieder und siedelten auf die Mugeres-Insel, wo Jean bis zu seinem Tod 1825 Schiffe überfiel. Obwohl Pierre Laffite der ältere und geschäftigere der Brüder war, wurde Jean Laffite Held vieler Heldenerzählungen.

Die Schlacht von New Orleans war Vorbild für den Film "Buccaneer" (1938); deutsch: "Der Freibeuter von Louisiana")